Os cursos são organizados, na sua área estritamente académica, em moldes idênticos aos dos outros estabelecimentos de ensino superior universitário e nas áreas de formação militar e comportamental, de acordo com as directivas do Chefe do Estado-Maior do Exército.

No último ano do curso, é frequentado um tirocínio, que assume um carácter de estágio de formação, de índole eminentemente prática.

Os últimos anos dos cursos de Engenharia Militar, Engenharia Electrotécnica Militar e Engenharia Mecânica Militar, parte das cadeiras são frequentados no Instituto Superior Técnico.

Relativamente aos cursos de Medicina, Medicina Dentária, Medicina Veterinária e Ciências Farmacêuticas, a totalidade das cadeiras é frequentada na Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Medicina Dentária da Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária da Universidade Técnica de Lisboa e Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa, que conferem os respectivos graus académicos, sendo a Formação Militar Complementar frequentada na Academia Militar.

Terminado o curso da Academia Militar, o aluno recebe o Diploma de Licenciatura ou de Mestrado, a Carta de Curso e a Espada de Oficial, como símbolo das funções de comando que institucionalmente lhe são conferidas.

Os alunos finalistas dos cursos nas áreas da Engenharia, Medicina e Administração têm a possibilidade de ingresso directo nas respectivas ordens profissionais: Engenheiros, Médicos, Veterinários, Farmacêuticos e Economistas. Os finalistas dos cursos da área de Administração têm também a possibilidade de ingresso na Câmara dos Técnicos Oficiais de Contas.

Proporcionar aos alunos dos diferentes Cursos:

• A formação científica, de base, técnica e tecnológica, a par de preparação física e de adestramento militar, indispensáveis aos oficiais dos quadros permanentes do Exército e da GNR para o exercício das suas funções hierárquicas e técnicas e possível contribuição para o desenvolvimento científico da prática militar

• A formação comportamental assente em sólida educação militar, moral e cívica tendo em vista desenvolver os atributos de carácter, alto sentido do dever, honra e lealdade, culto da ordem e da disciplina e as qualidades de comando e chefia inerentes à condição militar 

Objectivos  

No final dos cursos, os alunos deverão, especialmente, estar aptos a:

• Pela formação científica de base recebida, adquirir os conhecimentos e a dinâmica intelectual essenciais ao permanente acompanhamento da evolução do saber;
• Pela formação científica de índole técnica e tecnológica que lhes foi ministrada, satisfazer as qualificações profissionais indispensáveis ao desempenho das funções previstas no Estatuto dos Militares das Forças Armadas para os alunos do Exército e Estatuto dos Militares da Guarda Nacional Republicana e Regulamento Geral do Serviço da Guarda Nacional Republicana para os alunos da GNR, em particular:

No âmbito do Exército:

• Comandar e instruir as unidades da sua arma ou serviço de efectivo de pelotão;
• Desempenhar as funções de adjunto de comandante de companhia / bateria / esquadrão, operacional ou de instrução dos batalhões / grupos de instrução, de comando e serviços e das subunidades que constituem encargos operacionais;
• Ministrar os cursos de formação do RV / RC;
• Desempenhar, em casos excepcionais, as funções de adjunto das secções de   estado-maior, coordenador ou técnico, das Unidades de escalão Batalhão;
• Desempenhar as funções previstas no RGSUE e compatíveis com o posto;
• Participar na concepção e/ou execução de projectos ou estudos técnicos de interesse para o Exército (Engenharias);
• Desempenhar a função de adjunto financeiro de uma secção logística (Administração Militar);
• Participar na execução de actos médicos / farmacêuticos / médico-veterinários, projectos e/ou estudos técnicos, no âmbito do Exército e das Forças Armadas (Saúde Militar);
• Frequentar cursos de especialização e pós-graduação.

No âmbito da Guarda Nacional Republicana:

• Comandar subunidades de escalão pelotão (Armas);
• Desempenhar funções de adjunto de unidades de escalão companhia ou equivalente (Armas);
• Desempenhar funções em órgãos de gestão financeira das unidades e dos serviços (Administração);
• Desempenhar a função de instrutor de matérias de formação geral de saúde militar ou específicas de formação de oficiais, sargentos e praças;
• Participar na execução de actos médicos, projectos e/ou estudos técnicos. (Saúde Militar);
• Desempenhar as funções previstas no RGSGNR e compatíveis com o posto;
• Frequentar cursos de especialização e pós-graduação, em particular os que possibilitem a promoção e a qualificação.